La estación de Valsequillo fué construida por la Compañia de los Caminos de Hierro de Ciudad Real a Badajoz (CRB) en la línea: Córdoba – Almorchón.
Se encuentra situada en el PK 39,950 de dicha línea entre las estaciones de “La Granjuela” y “Zújar de Córdoba”. Se inauguró en abril de 1868.
El tramo es de vía única y dejó de prestar servicio de viajeros en 1974, aunque actualmente todavía circulan trenes de  mercancías para abastecer de combustible la central térmica de Puente Nuevo (Espiel).
Tuvo un especial protagonismo durante la guerra civil española,  debido a que en esta estación se encontraba el límite entre ambos bandos. Además, se encontraba estacionado un tren blindado al servicio del Ejercito de la República Española.